《哈利波特》系列的故事背景，建立于现代世界和魔法世界并存的世界观，以魔法世界恶名昭彰的巫师伏地魔杀害哈利波特的父母詹姆·波特和莉莉·波特、还是婴儿的哈利波特幸免于难作为开端，讲述哈利在成长过程中分别在现代世界与魔法世界经历的事件。
《哈利波特：神秘的魔法石》：在系列首作中，故事起始点为1980年[9]，成为孤儿的哈利被交给居住英国小惠金区女贞路的姨妈的家庭德思礼一家收养，过着被德思礼一家长期刻薄对待的生活，直至11岁生日当晚，他从霍格华兹学院钥匙管理者鲁伯·海格手中接到校长阿不思·邓布利多发出的入学通知，才得知自己的巫师身世并入学霍格华兹。哈利在魔法世界认识形形色色的恩人、教师、朋友、对手、魔法生物，逐渐理解关于父母的往事和伏地魔有意利用魔法石长生不死的事实，与凭依在奇洛教授身上的伏地魔对峙，最终奇洛变成灰烬、伏地魔消失，魔法石则被摧毁，哈利所属的格兰芬多学院因为哈利和朋友们的表现获得加分，成为学期末积分最多的学院杯冠军。
《哈利波特：消失的密室》：哈利在升上二年级的暑假期间认识了服侍卢修斯·马尔福、为了保护哈利反而激怒德思礼一家的家事小精灵多比，哈利被德思礼一家限制行动时，获得交好的韦斯莱家族出手相救渡过愉快的暑假，好友罗恩·韦斯莱的妹妹金妮·韦斯莱成为该届霍格华兹新生，学校则聘雇知名作家吉德罗·洛哈特担任新任黑魔法防御术教授。由于校园出现“密室将再度开启”的谜样留言、接二连三发生校园人士遭石化的事件，连和哈利要好的赫敏·格兰杰也被卷入危险，迫使哈利和罗恩深入调查此事。他们探查到学校创办人之一萨拉查·斯莱特林秉持纯血统巫师招生的过往。此外，伏地魔以旧名汤姆·里德尔，使用日记本操控金妮打开密室，释放蛇怪造成袭击事件的真相。最终哈利追到密室，遇到汤姆·里德尔释放蛇怪对抗哈利。千钧一发之际，邓布利多的凤凰为哈利送来分院帽，哈利从分院帽取出戈德里克·格兰芬多宝剑斩杀蛇怪，并利用蛇怪的毒牙刺进日记本（作为伏地魔魂器）而令里德尔的身影消失，金妮则恢复了生命。事后哈利帮助多比获得自由，洛哈特因为被哈利和罗恩揭发盗取他人经历成书准备消除两者记忆，反而误用罗恩故障的魔杖，令自己失去记忆住进圣芒戈医院，格兰芬多学院再度因为哈利和罗恩的表现蝉联学院杯冠军。
《哈利波特：阿兹卡班的逃犯》：哈利以小天狼星布莱克逃离阿兹卡班监狱、用魔法教训羞辱父母的玛姬姑姑并从德斯礼家离家出走、升上三年级认识新任黑魔法防御术教授莱姆斯·卢平、摄魂怪现身在魁地奇比赛中为契机，深入理解小天狼星、莱姆斯·卢平和父母、伏地魔之间的关联，揭晓小矮星彼得当年出卖了哈利的父母而造成波特夫妇遇害、小天狼星蒙冤入狱的实情，结果小矮星彼得逃走、卢平的狼人身份曝光被迫辞去教职、小天狼星被判处接受摄魂怪之吻，让哈利为了解救小天狼星展开行动。
《哈利波特：火杯的考验》：故事以食死徒在魁地奇世界杯尾声现身袭击麻瓜成为开端，学校起聘已经退休的傲罗疯眼汉穆迪任职黑魔法防御术教授，霍格华兹、布斯巴顿和德姆斯特朗三校参与久未举办的三强争霸赛，升上四年级但未报名赛事的哈利意外地和同校但就读赫奇帕奇学院的塞德里克·迪戈里被选为参赛者。哈利和塞德里克在经历三项考验的过程中成为战友，他还对塞德里克的女友秋·张产生好感，然而哈利和塞德里克被卷入了伏地魔和小矮星彼得策划的阴谋，导致塞德里克遇害身亡、伏地魔得以复活。哈利带着塞德里克的遗体返回学校，疯眼汉穆迪被揭露实为从阿兹卡班监狱逃狱的小巴蒂·克劳奇伪装，真正的疯眼汉穆迪则在受困后获得释放。由于小巴蒂·克劳奇未能向魔法部长康奈利·福吉及时透露事实便被摄魂怪吸走灵魂、加着魔法世界记者抹黑哈利使福吉不愿相信伏地魔复活，促使邓布利多招集凤凰会成员展开对抗伏地魔的行动。
《哈利波特：凤凰会的密令》：哈利在升上五年级的暑假期间和表兄达利遭遇摄魂怪的袭击，为了防身违反不得在校外施展魔法的规则，被要求出席魔法部的听证会。哈利与凤凰会成员碰面，理解伏地魔的相关情报，在听证会获得身为哑炮的阿拉贝拉·费格出庭作证而无罪释放，邓布利多的支持者和凤凰会亦为了对抗伏地魔展开行动。被魔法部派任黑魔法防御术教授的多洛雷斯·乌姆里奇在学校逐步掌握权势的独裁作风，引起校园师生的不满，哈利和朋友们组成邓不利多的军队（简称D.A）私下教导想要学习黑魔法防御术的学生，赫敏联系记者丽塔·斯基特令后者撰写哈利的访问描述伏地魔复活的真相，刊登在《唱唱反调》上，造成全魔法圈轰动。邓布利多为袒护哈利和D.A遭乌姆里奇迫害下台，哈利和D.A.的成员前往魔法部拯救小天狼星，偕同凤凰会成员对抗食死徒，小天狼星在过程中遇害身亡，伏地魔亲自出现在魔法部和邓布利多展开决斗后逃跑。此事让魔法部真正相信伏地魔回归的消息，邓布利多则向哈利透露多年前有关终结伏地魔的男孩降生的预言，至于恩不理居则因为遭马人掳走留有心理创伤、加著任职霍格华兹校长期间的负面事迹被全校师生逐出校园。
《哈利波特：混血王子的背叛》：伏地魔在魔法部现身的事件过后，鲁弗斯·斯克林杰接替康奈利·福吉成为新任魔法部长，邓布利多和哈利说服斯拉格霍恩返校担任担任魔药学教授，原先教导魔药学、曾和哈利的父亲有过节的西弗勒斯·斯内普则成为继任黑魔法防御术教授。升上六年级的哈利从斯拉格霍恩取得“混血王子”记载魔药学知识的笔记本，经由邓布利多的引导理解伏地魔将灵魂分成7份、其中6份藏于魂器的详情，决意依照指示破坏伏地魔的魂器。在食死徒闯入学校和校园师生对战的期间，和哈利长期对立、偕同食死徒行动的德拉科·马尔福解除邓布利多的武装，但无法痛下杀手，最终由斯内普使用索命咒杀害邓布利多，斯内普坦承自己是“混血王子”的身份便先行离去。事后时任副校长麦格教授成为霍格华兹临时校长，哈利则决定不返校学习课业，偕同赫敏、罗恩执行摧毁伏地魔的所有魂器的使命。
《哈利波特－死神的圣物》：伏地魔获得了魔法部的控制权，凤凰会成员也为此展开了对策。哈利、罗恩和赫敏，取得邓布利多生前的遗物。三者潜入魔法部盗走魂器之一的斯莱特林挂坠盒，造访戈德里克山谷期间遭到伏地魔的蛇纳吉尼的攻击，经由银色母鹿的守护神引导找到葛莱分多的宝剑，用它摧毁了斯莱特林挂坠盒，他们还从古灵阁偷走了魂器之一的赫奇帕奇金杯并前往霍格华茨，理解死神圣物的渊源，破坏赫奇帕奇金杯，同为魂器之一的拉文克劳皇冠则在哈利三者和马尔福、格高尔、赞比尼对峙时，毁于格高尔在有求必应屋用厉火引发的火灾。留守在霍格华茨的联合阵营与食死徒展开了大战，伏地魔指示纳吉尼杀死斯内普，但在斯内普死前将自己的记忆传给哈利，让哈利理解斯内普始终忠于邓布利多、哈利本身即是魂器之一的事实。哈利在对抗伏地魔的过程一度被后者杀死，灵魂与邓布利多相会后，选择重返现实继续迎战伏地魔，最终这场大战以哈利杀死伏地魔、联合阵营付出牺牲五十多名人力的代价获胜告终。题为“十九年后”的尾声描述了幸存者的生活和伏地魔之死带来的影响。